Roche 454，Solexa和ABI SOLID均有單端測序和雙端測序兩種方式。在基因組De Novo測序過程中，Roche454的單端測序讀長可以達到400p，經常用于基因組骨架的組裝，而Solexa和ABI SOLID雙端測序可以用于組裝scaffolds和填補gap。以solexa為例，單端測序(Single-ead)和雙端測序(Paied-end及Mate-pai)還是有區別的。
Single-ead、Paied-end和Mate-pai主要區別在測序文庫的構建方法上。
1、Single-ead單端測序首先將DNA樣本進行片段化處理形成200-500p的片段，引物序列連接到DNA片段的一端，然后末端加上接頭，將片段固定在flowcell上生成DNA簇，上機測序單端讀取序列。
2、Paied-end單端測序方法是指在構建待測DNA文庫時在兩端的接頭上都加上測序引物結合位點，在第一輪測序完成后，去除第一輪測序的模板鏈，用對讀測序模塊(Paied-End Module)引導互補鏈在原位置再生和擴增，以達到第二輪測序所用的模板量，進行第二輪互補鏈的合成測序。
3、Mate-pai雙端測序文庫制備旨在生成一些短的DNA片段，這些片段包含基因組中較大跨度(2-10k)片段兩端的序列，更具體地說：首先將基因組DNA隨機打斷到特定大小（2-10k范圍可選）；然后經末端修復，生物素標記和環化等實驗步驟后，再把環化后的DNA分子打斷成400-600p的片段并通過帶有鏈親和霉素的磁珠把那些帶有生物素標記的片段捕獲。這些捕獲的片段再經末端修飾和加上特定接頭后建成mate-pai文庫，然后上機測序。
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